藤森工業株式会社では、品質管理マネジメントシステムISO9001：2015を本社、研究所、支店、営業所、6事業所で、三重事業所でISO13485：2003（医療機器における品質マネジメントシステムの国際規格）、横浜事業所でISO15378：2011（医薬品向け一次包装材料に対する品質マネジメントシステム）を取得しております。環境マネジメントシステムISO14001：2015を本社、研究所、支店、営業所、7事業所及び関連会社（フジモリプラケミカル、まつやセロファン）を統合して認証登録しております。